Để bắt đầu thực hiện một dự án website hay để thiết kế một website. Chúng ta cần có cấu trúc các thư mục để lưu trữ các tệp tin chạy chương trình. Dưới đây là một cấu trúc thư mục cơ bản để tiến hành lập trịnh dự án web.

Cấu trúc:

• Admin: chức các tập tin tác động đến hệ thống website như thêm sửa xóa, thao tác với cơ sở dữ liệu (phần back end).
• Classes: chức các tập tin cấu hình các lớp xử lý cho phần người dùng.
• Configs: chức các tập tin cấu hình chung cho website
• Elements: hay module chứa các tệp tin thể hiện các chức năng của website
• Libraries: chức các tập tin thư viện và các thành phần mở rộng từ bên thứ ba
• Media: chứ các tập tin hình ảnh, file,…
• Templates: chứa các tập tin thể hiện giao diện người dùng.
• Index.php: tệp tin chính của trang website

Trên đây chỉ là cấu trúc các thư mục đơn giản để tiến hành lập trình web. Khi triển khai thêm các ứng dụng mới chúng ta có thể có thêm các thư mục mới.